As comissões do CNMP são instituídas pelo plenário para o estudo de temas e atividades específicos da instituição ou relacionados à suas competências. De caráter permanente ou temporário, as comissões são formadas pelos membros do Conselho, sendo que os presidentes de cada comissão são eleitos pelo voto da maioria do plenário para mandato de um ano.
Comissões Permanentes
- Comissão de Controle Administrativo e Financeiro
- Comissão de Planejamento Estratégico
- Comissão de Preservação da Autonomia do Ministério Público
- Comissão do Sistema Prisional, Controle Externo da Atividade Policial e Segurança Pública
- Comissão da Infância e Juventude
- Comissão de Acompanhamento Legislativo e Jurisprudência
- Comissão de Defesa dos Direitos Fundamentais
Comissão da Saúde omissão da Saúde
Comissão de Enfrentamento da Corrupção
Comissões Temporárias