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A segregação de funções consiste na separação das funções de autorização, aprovação, execução, controle e contabilização. Para evitar conflitos de interesses, é necessário repartir funções entre os servidores para que não exerçam atividades incompatíveis, como executar e fiscalizar uma mesma atividade. Conforme o Conselho Federal de Contabilidade, na Resolução nº 1.212/2009, segregação de funções significa atribuir a pessoas diferentes as responsabilidades de autorizar e registrar transações e manter a custódia dos ativos. A segregação de funções destina-se a reduzir as oportunidades que permitam a qualquer pessoa estar em posição de perpetrar e de ocultar erros ou fraudes no curso normal das suas funções.

Deve ocorrer a devida segregação entre as funções de controle e as diversas áreas administrativas. Além disso, a própria área administrativa deve ter sua responsabilidade dividida entre as atividades de finanças, contabilidade, recursos humanos, guarda patrimonial, licitação e entre o empenho, a liquidação (recebimento), o pagamento e a conferência (conformidade).

Alguns exemplos das diversas aplicações da segregação de funções podem ser encontrados em julgamentos dos Tribunais de Contas e órgãos de controle, como os seguintes:

CORREGEDORIA NACIONAL DO CNMP

Sobre o tema a Corregedoria Nacional do CNMP indica os seguintes procedimentos: