Terceira instância do Ministério Público Federal onde atuam os subprocuradores-gerais da República, perante o Superior Tribunal de Justiça, e o procurador-geral da República, perante o Supremo Tribunal Federal e Tribunal Superior Eleitoral. Sediada em Brasília, é o centro administrativo-institucional do MPF. A Procuradoria Geral da República também é a sede da Procuradoria Geral Eleitoral.