Cada procurador, no exercício de suas funções, tem inteira autonomia. Não fica sujeito a ordens de quem quer que seja, nem a superiores hierárquicos. Se vários membros do MPF atuam em um mesmo processo, cada um pode emitir sua convicção pessoal acerca do caso; não estão obrigados a adotar o mesmo entendimento do colega. Em decorrência desse princípio, a hierarquia no MPF é considerada com relação a atos administrativos e de gestão. Ex.: somente o procurador-geral da República pode designar procuradores para atuarem numa força-tarefa. Após a designação, no entanto, o procurador-geral não tem nenhum poder de dizer quais medidas o procurador deve adotar em seu trabalho.