Instituição que abrange quatro ramos com áreas de atuação, organização espacial e administração distintas, embora regidos pela mesma lei complementar, a de nº 75/93. Alguns órgãos, no entanto, são comuns entre os ramos: o Conselho de Assessoramento Superior, a Escola Superior do Ministério Público da União, a Auditoria Interna e a Secretaria do MPU. Mas, quando se trata de atribuições, as diferenças entre os ramos do MPU ficam evidentes.